Jurusan Agama adalah jantung dari MA Raudlatul Ulum Putra, tempat para siswa mendalami khazanah keilmuan Islam secara holistik. Di sini, para siswa tidak hanya menghafal, tetapi juga menafakuri Al-Qur’an, hadis, fikih, dan tasawuf. Pembelajaran ditekankan pada pemahaman kontekstual dan penerapannya dalam kehidupan sehari-hari, sesuai dengan ajaran para masyayikh pendiri pesantren. Jurusan ini mencetak generasi ulama dan cendekiawan Islam yang berpegang teguh pada tradisi, namun tetap relevan dengan tantangan zaman. Lulusan jurusan Agama diharapkan menjadi pewaris estafet dakwah, siap membimbing umat dengan ilmu yang mendalam dan akhlak yang mulia.