Jurusan IPA di MA Raudlatul Ulum Putra bukan sekadar tempat untuk belajar fisika, kimia, dan biologi. Jurusan ini adalah wadah di mana para siswa diajak untuk memahami ayat-ayat Allah yang terhampar di alam semesta. Melalui praktikum dan pembelajaran mendalam, siswa akan menyingkap kebesaran Sang Pencipta dalam setiap atom, molekul, dan sistem kehidupan. Ilmu pengetahuan modern diintegrasikan dengan nilai-nilai keagamaan, sehingga setiap penemuan sains menjadi penguat keimanan. Lulusan jurusan IPA diharapkan mampu menjadi ilmuwan Muslim yang berakhlak mulia, siap berkontribusi pada kemajuan sains dan teknologi tanpa meninggalkan akar keislaman.